Das Pferdestammbuch Weser-Ems wurde 1949 gegründet. Zu diesem Zeitpunkt begann die züchterische Arbeit im ehemaligen Regierungsbezirk Weser-Ems. Zunächst wurden hauptsächlich Robustrassen gezüchtet, die auch in der Landwirtschaft eingesetzt wurden. Mittlerweile sind es ca. 30 Pony- und Pferderassen, die vom Pferdestammbuch Weser-Ems züchterisch betreut werden, angefangen vom Mini-Shetland-Pony, über das Shetland-Pony, Partbred-Shetland, Dt. Classic Pony, Dartmoor, Connemara, New Forest, Edelbluthaflinger, Haflinger, Fjord, Merens, Isländer, Pintos, Schweres Warmblut, Tuigpaarden, Tarpane, Welsh (mit den Sektionen A, B, C und D), Kleines Deutsches Reitpferd, Deutsches Reitpony, Barockreitpferd bis zum Friesen und, ganz neu dabei, der Deutsche Miniatur-Esel.

Z.Zt. zählt das Pferdestammbuch Weser-Ems mit Sitz im Oldenburger Pferde Zentrum Vechta, das bundesweit tätig ist, etwa 1.200 Züchter. 1.500 Stuten sind zuchtaktiv, ca. 250 gekörte Hengste stehen den Züchtern zur Verfügung, 2021 wurden über 700 Fohlen geboren. Die zahlenmäßig größte Rasse stellen die Deutschen Reitponys mit ca. 750 Stuten dar, es folgen die Shetland-Ponys, die Welsh-Ponys, die Haflinger und Friesen.

Weser-Ems-Ponys können auf zahlreichen Turnieren und Schauen im In- und Ausland bewundert werden, auf denen sie oft an der Spitze stehen. Innerhalb des Verbandes finden Stuten- und Fohlenschauen im Kernzuchtgebiet Weser-Ems statt, für die Stuten als Höhepunkt ihrer jungen Karriere die Elitestutenschau in Hude-Wüsting (im Rahmen der LandTage Nord), für die Hengste im Herbst die Hengstkörung im Oldenburger Pferde Zentrum in Vechta.